Тогда, в январе 1760 года краевед П.И. Рычков в сопровождении местных жителей посетил первый этаж пещеры. Вероятно, два года спустя, на основе этого описания оренбургский геодезист и краевед Иван Красильников подготовил «План пещеры при реке Белой», состоящий из трех частей («План пещеры», «Профиль пещеры» и «Вид горы, в которую продолжается пещера. Вход в оную под №1»). Эти документы были найдены в Российском государственном архиве древних актов только в 2003 году.
Интерес к пещере проявил и русский ученый-энциклопедист
Иван Иванович Лепехин. В 1770 году он обследовал второй этаж пещеры. Позднее пещеру посещали геологи Н.Г. Меглицкий,
А.И. Антипов, В.С. Лоссиевский, М.В. Лоссиевский, А. Игнатович,
С. Меч. Их работы имели описательный либо краеведческий характер.
Первый подробный протокол осмотра и изменений был составлен только в 1896 году членами Оренбургского отделения географического общества Д. Соколовым, И. Заневским и Ф.П. Симоном. Ученые составили карту, но сделана она была «на глазок», без использования специального оборудования.
В 1923 и 1931 годах пещеру исследовал геолог Г.В. Вахрушев. Он проводил геологические и гидрологические наблюдения и уточнил карту пещеры до Дальнего озера, уже используя измерительные приборы.
В конце 1950-х годах исследованиями долины реки Белой занялась Варвара Львовна Яхимович. Ее, как геолога, интересовали четвертичные отложения.
Рубежным периодом в истории изучения пещеры Шульган-Таш стал январь 1959 года. Тогда старший научный сотрудник Башкирского заповедника, зоолог Александр Владимирович Рюмин совместно с коллегами (Н.А. Желудков, А.В. Евграфов и др.) обнаружили в пещере следы древней наскальной живописи. Подлинность рисунков и их палеолитический возраст были подтверждены в сентябре 1960 года работами Уральской палеолитической экспедиции Института археологии АН СССР под руководством Отто Николаевича Бадера.
С 1960 года началось комплексное изучение пещеры. С участием археологов, спелеологов, геодезистов и других специалистов. В пещере работали археологические экспедиции О.Н. Бадера, В.Е. Щелинского, В.Г. Котова, В.С. Житенева, Т.И. Щербаковой.
В 1960-1977 годах в пещере также проводила исследования спелео-карстологическая экспедиция Башкирского государственного университета под руководством Е.Д. Богдановича и И.К. Кудряшева. Было проведено геодезическое картирование полостей пещеры и поверхности, описана ее морфология, выполнены микроклиматические и гидрологические исследования. В 1961 г. спелеологи вместе с Рюминым прошли узкий лаз Шкуродер (ход Рюмина) и обследовали Новый район пещеры.
В 1985 году карстологические и геоморфологические особенности района пещеры изучались Н.Г. Гвоздецким.
Важный этап исследования пещеры связан с работами Юрия Сергеевича Ляхницкого и сотрудников Всероссийского научно-исследовательского геологического института им. А.П. Карпинского. В 1982 году ими проводились топографические, геологические и карстологические исследования. Исследования стали системными, постоянно проводился контроль микроклимата и гидрологии пещеры. Результаты этой работы легли в основу действующей в настоящее время системы мониторинга.
Эти исследования позволили определить нормативы антропогенной нагрузки и методы коррекции неблагоприятных микроклиматических процессов. Данные также легли в основу эскиза экскурсионного маршрута в ближней части пещеры. Он также занимался документированием и каталогизацией палеолитической живописи и участвовал в реставрационных работах.
Участники Спелео-карстологической экспедиции Башкирского Государственного Университета сооружают деревянную лестницу для подъема на второй этаж пещеры. 1960 г.
Изучение подводной части пещеры началось в 1990-х годах. Спелеолог-подводник Владимир Энгельсович Киселев прошел несколько сифонов – подводных туннелей, целиком заполненных водой - и задокументировал около 500 м пещерных ходов.
В 2001 - 2003 годах дайверы Шумейко, А. Решетняк, Ю. Базилевский (Россия) и Ф.А. Шорт (Англия) исследовали воклюз «Голубое озеро» и зафиксировали максимальную глубину - 84 метра.
Экологические и микробиологические исследования пещеры в различные годы проводили специалисты Уфимского института биологии РАН (Л.Ю. Кузьмина, Н.Ф. Галимзянова, А.С. Рябова и др.), Башкирского государственного университета (Ш.Р. Абдуллин), Казанского государственного университета (Н.Е. Гоголева, Ю.В. Гоголев и др.).
В 2015 году, под руководством палеонтолога Екатерины Дэвлет, началось активное продвижение пещеры Шульган-Таш в список Всемирного наследия ЮНЕСКО. Она же стала инициатором документирования пещеры и окрестностей методом лазерного сканирования (лаборатория RSSDA, руководители Ю. Свойский и Е. Романенко).
В период с 2015 по 2018 годы проводилась очистка пещеры от загрязнений и надписей, оставленных туристами в XX веке. Для этой работы был привлечен специалист по реставрации объектов наскального искусства Эудалд Гуилламет. Также был реализовала проект мультиспектральной съёмки стен пещеры, что позволило выявить множество ранее неизвестных древних изображений.
Глава Республики Башкортостан и Президент РАН
осматривают экспозицию музейного комплекса
"Шульган-Таш".
Установка мониторинговой станции около композиции
‘Лошади и знаки’ зала Хаоса
Экскурсия в музейно экспозиционном комплексе "Шульган-Таш"
Первое описание пещеры Шульган-Таш относится к концу XVIII века
В январе 1959 г. на реке Белой удалось обнаружить следы пребывания первобытного человека: сильно стертые камни, похожие на орудия человека, кости зверей, возможно являющиеся остатками его пищи, и богато представленную реалистическую пещерную живопись.
«За историей искусства видна и история народов. Истоки первых мировых культур уходят в глубины древне-каменного века. Не исключено, что они берут начало в южно-уральском очаге.»
