Историко-культурный музей-заповедник - республиканское учреждение, созданное специально для изучения и сохранения палеолитических наскальных изображений пещеры Шульган-Таш.
В 2012 году Правительство Республики Башкортостан предложило включить пещеру
в Список всемирного наследия ЮНЕСКО.
В связи с этим была проведена работа по приведению системы управления пещерой в соответствие с российским и международным законодательством.
Создание музея-заповедника сопровождалось проведением нескольких государственных историко-культурных экспертиз. Были уточнены датировки рисунков, - исследования проводились в лабораториях Австрии, Великобритании и США под руководством известного ученого Ю.В. Дублянского.
В период с 2015 по 2018 годы ИКМЗ «Шульган-Таш» проводил очистку пещеры от загрязнений и надписей, оставленных туристами в XX веке. Для этой работы также привлекли зарубежного специалиста по реставрации объектов наскального искусства Эудалда Гуилламета.
В 2018 году московская лаборатория RSSDA создала трехмерную цифровую модель пещеры. Были закуплены и установлены современные устройства мониторинга микроклимата пещеры.